四肢に関しては現在もメクラヘビやニシキヘビ科など一部の原始的なヘビに腰帯の痕跡を持つ種類がある。一部のニシキヘビには大腿骨も残っている。なお、肩帯のある種類は現存しない。移動するための四肢を失ったため運動能力が下がるかというとそうではなく、長い全身を利用することでむしろ様々な足場を利用できるようになったともいえる。水槽で飼う場合、ヘビの逃亡を防ぐのはトカゲの逃亡を防ぐよりずっと難しい。
具体的な移動方法としては
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直進（腹筋を動かして直進する）
横這い（上半身を移動する方向へ持ち上げた後、下半身を引き寄せる）...等の移動方法が見られる。
体形に合わせて内臓も細長くなっており、2つの肺のうち左肺は退化している。原始的なヘビほど左肺が大きい傾向にある。
視力は人間などに比べると弱く、現存する種にも目が退化したものは多い。立体的な活動を行う樹上棲種においてはこの限りではなく、大型の眼を持ち視覚が発達している種もいる。